Entrez

Το Entrez Global Query Cross-Database Search System ^[1] είναι μια μηχανή αναζήτησης ή δικτυακή πύλη που επιτρέπει στους χρήστες να αναζητούν σε πολλές διακριτές βάσεις δεδομένων επιστημών υγείας στον ιστότοπο National Center for Biotechnology Information (NCBI) των ΗΠΑ.^[2] Το NCBI αποτελεί μέρος της Εθνικής Ιατρικής Βιβλιοθήκης των ΗΠΑ (NLM), η οποία αποτελεί τμήμα των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας (National Institutes of Health, NIH), το οποίο με τη σειρά του αποτελεί μέρος του Υπουργείου Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών των Ηνωμένων Πολιτειών. Το όνομα "Entrez" (ένας χαιρετισμός που σημαίνει "Ελάτε μέσα" στα γαλλικά) επιλέχθηκε για να αντικατοπτρίζει το πνεύμα της υποδοχής του κοινού στην αναζήτηση του περιεχομένου που διατίθεται από το NLM.

Το Entrez Global Query είναι ένα ολοκληρωμένο σύστημα αναζήτησης και ανάκτησης που παρέχει πρόσβαση σε όλες τις βάσεις δεδομένων ταυτόχρονα με μία μόνο συμβολοσειρά ερωτήματος και διεπαφή χρήστη. Το Entrez μπορεί να ανακτήσει αποτελεσματικά σχετικές αλληλουχίες, δομές και παραπομπές. Το σύστημα Entrez μπορεί να παρέχει προβολές αλληλουχιών γονιδίων και πρωτεϊνών και χαρτών χρωμοσωμάτων. Ορισμένα εγχειρίδια είναι επίσης διαθέσιμα στο διαδίκτυο μέσω του συστήματος Entrez.

Χαρακτηριστικά

Η αρχική σελίδα του Entrez παρέχει, από προεπιλογή, πρόσβαση στο γενικό ερώτημα. Όλες οι βάσεις δεδομένων που έχουν καταχωρηθεί από το Entrez μπορούν να αναζητηθούν μέσω μίας μόνο συμβολοσειράς ερωτήματος, υποστηρίζοντας τελεστές Μπούλ και ετικέτες όρων αναζήτησης για τον περιορισμό τμημάτων της πρότασης αναζήτησης σε συγκεκριμένα πεδία. Αυτό επιστρέφει μια ενοποιημένη σελίδα αποτελεσμάτων, η οποία δείχνει τον αριθμό των επισκέψεων για την αναζήτηση σε κάθε μία από τις βάσεις δεδομένων, οι οποίες συνδέονται επίσης με τα πραγματικά αποτελέσματα αναζήτησης για τη συγκεκριμένη βάση δεδομένων.

Το Entrez παρέχει επίσης μια παρόμοια διεπαφή για την αναζήτηση σε κάθε συγκεκριμένη βάση δεδομένων και για τη βελτίωση των αποτελεσμάτων αναζήτησης. Η λειτουργία Όρια επιτρέπει στον χρήστη να περιορίσει μια αναζήτηση, μια διεπαφή διαδικτυακών φορμών. Η λειτουργία Ιστορικό παρέχει μια αριθμημένη λίστα με πρόσφατα εκτελεσμένα ερωτήματα. Τα αποτελέσματα προηγούμενων ερωτημάτων μπορούν να αναφερθούν με αριθμό και να συνδυαστούν μέσω τελεστών Μπουλ. Τα αποτελέσματα αναζήτησης μπορούν να αποθηκευτούν προσωρινά σε ένα Πρόχειρο. Οι χρήστες με λογαριασμό MyNCBI μπορούν να αποθηκεύουν ερωτήματα επ' αόριστον και επίσης να επιλέγουν να λαμβάνουν ενημερώσεις με νέα αποτελέσματα αναζήτησης μέσω ηλ. μηνύματος για αποθηκευμένα ερωτήματα των περισσότερων βάσεων δεδομένων. Χρησιμοποιείται ευρέως στον τομέα της βιοτεχνολογίας ως εργαλείο αναφοράς για φοιτητές και επαγγελματίες.

Βάσεις δεδομένων

Ο Entrez αναζητά στις ακόλουθες βάσεις δεδομένων:

PubMed: παραπομπές και περιλήψεις βιοϊατρικής βιβλιογραφίας, συμπεριλαμβανομένων των MEDLINE—άρθρων από (κυρίως ιατρικά) περιοδικά, που περιλαμβάνουν συχνά περιλήψεις. Παρέχονται σύνδεσμοι προς το PubMed Central και άλλους πόρους πλήρους κειμένου για άρθρα από τη δεκαετία του 1990.
PubMed Central: δωρεάν άρθρα περιοδικών πλήρους κειμένου
Αναζήτηση ιστότοπου: Ιστότοποι NCBI και ιστότοποι FTP
Βιβλία: διαδικτυακά βιβλία
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)
Νουκλεοτίδιο: βάση δεδομένων αλληλουχιών (Genbank)
Πρωτεΐνη: βάση δεδομένων αλληλουχιών (GenPept)
Γονιδίωμα: αλληλουχίες ολόκληρου του γονιδιώματος και Χαρτογράφηση του Ανθρώπινου Γονιδιώματος
Δομή: τρισδιάστατες μακρομοριακές δομές
Ταξινόμηση: οργανισμοί στην Ταξινόμηση της GenBank
dbSNP: πολυμορφισμός απλού νουκλεοτιδίου
Gene (database) : ^[3] πληροφορίες με επίκεντρο τα γονίδια
HomoloGene: ευκαρυωτικές ομάδες ομολογίας
Ένωση PubChem: μοναδικές χημικές δομές μικρών μορίων
Ουσία PubChem : κατατεθειμένα αρχεία χημικών ουσιών
Genome Project: πληροφορίες έργου γονιδιώματος
UniGene: συστάδες αλληλουχιών μεταγραφής με προσανατολισμό γονιδίων
Conserved domain database, CDD : βάση δεδομένων διατηρημένων πρωτεϊνικών τομέων
PopSet: σύνολα δεδομένων μελέτης πληθυσμού (επιδημιολογία)
Κατατομές (Προφίλ) GEO: προφίλ έκφρασης και μοριακής αφθονίας
Σύνολα δεδομένων GEO: πειραματικά σύνολα δεδομένων GEO
Αρχείο ανάγνωσης αλληλουχίας: δεδομένα αλληλούχισης υψηλής απόδοσης
Χρωμοσώματα Καρκίνου: βάσεις δεδομένων κυτταρογενετικής
PubChem BioAssay: έλεγχοι βιοδραστικότητας χημικών ουσιών
Probe: αντιδραστήρια ειδικά για την αλληλουχία
Κατάλογος NLM: Βιβλιογραφικά δεδομένα NLM για πάνω από 1,2 εκατομμύρια περιοδικά, βιβλία, οπτικοακουστικά μέσα, λογισμικό υπολογιστών, ηλεκτρονικούς πόρους και άλλο υλικό που βρίσκεται στο LocatorPlus (ενημερώνεται κάθε εργάσιμη ημέρα).

Πρόσβαση

Εκτός από τη χρήση των φορμών της μηχανής αναζήτησης για την αναζήτηση δεδομένων στο Entrez, το National Center for Biotechnology Information, NCBI, παρέχει τα Βοηθητικά Προγραμματισμού του Entrez ^[4] (proper name, eUtils) για πιο άμεση πρόσβαση στα αποτελέσματα ερωτημάτων. Η πρόσβαση στα (proper name, eUtils) γίνεται με την ανάρτηση ειδικά διαμορφωμένων URL στον διακομιστή NCBI και την ανάλυση της απόκρισης XML. Υπήρχε επίσης μια διεπαφή (proper name, eUtils)) SOAP η οποία τερματίστηκε τον Ιούλιο του 2015.^[5]

Ιστορικό

Το 1991, το Entrez κυκλοφόρησε σε μορφή CD. Το 1993, μια έκδοση πελάτη-διακομιστή του λογισμικού παρείχε συνδεσιμότητα με το διαδίκτυο. Το 1994, το NCBI δημιούργησε έναν ιστότοπο και το Entrez ήταν μέρος αυτής της αρχικής έκδοσης. Το 2001 κυκλοφόρησε το Entrez bookshelf και το 2003 αναπτύχθηκε η βάση δεδομένων Entrez Gene.^[6]

Παραπομπές

↑ «Definition of 'entrez'». Collins Dictionary [Internet].
↑ NCBI Resource Coordinators (2012). «Database resources of the National Center for Biotechnology Information». Nucleic Acids Research 41 (Database issue): D8–D20. doi:10.1093/nar/gks1189. PMID 23193264.
↑ «Home - Gene - NCBI».
↑ Entrez Utilities. National Center for Biotechnology Information (US). 2010.
↑ The E-utility Web Service (SOAP). National Center for Biotechnology Information (US). 23 Ιανουαρίου 2015.
↑ Smith, Kent. «A Brief History of NCBI's Formation and Growth». The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Ανακτήθηκε στις 3 Μαΐου 2014.

Εξωτερικοί σύνδεσμοι

[1] «Definition of 'entrez'». Collins Dictionary [Internet].

[2] NCBI Resource Coordinators (2012). «Database resources of the National Center for Biotechnology Information». Nucleic Acids Research 41 (Database issue): D8–D20. doi:10.1093/nar/gks1189. PMID 23193264.

[3] «Home - Gene - NCBI».

[4] Entrez Utilities. National Center for Biotechnology Information (US). 2010.

[5] The E-utility Web Service (SOAP). National Center for Biotechnology Information (US). 23 Ιανουαρίου 2015.

[6] Smith, Kent. «A Brief History of NCBI's Formation and Growth». The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Ανακτήθηκε στις 3 Μαΐου 2014.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]