Con el pasar del tiempo y con el fin de mejorar el funcionamiento y objetivos al interior de los Capítulos, el 13 de noviembre de 1998, se efectuó una reunión de la SCCOT para discutir dichos cambios en donde la Junta Directiva de la SCCOT, junto a los presidentes de los Capítulos, aprobaron una reforma de la reglamentación única de los mismos.

Se redactó un documento de trabajo con las siguientes premisas: ¿Para qué son o no son los Capítulos?, ¿Quiénes deben pertenecer a los mismos?, ¿Cuáles son los requisitos de admisión y permanencia?, ¿Quién se beneficiaria de sus actividades?, ¿Quiénes los deben dirigir? ¿Qué privilegios tendrían sus miembros, y Qué posición tienen los Capítulos en la junta directiva de la SCCOT?

• En 1996, se crearon los Capítulos de Trauma, Mano, Hombro y Codo; posteriormente, se formaron los de Pie y Tobillo, Cadera y Rodilla, Tumores del Sistema Musculo-Esquelético y Enfermedades Metabólicas. Más adelante se constituyeron los Capítulos de Fijación Externa, Reconstrucción Ósea e Infecciones. Dejando así un total de diez Capítulos.
• En el mismo año la Junta Directiva de la Sociedad reglamentó la conformación de los Capítulos, en donde se definen como una organización científica compuesta por médicos especializados en Ortopedia y Traumatología.

1995

En 1995 se redactaron los Estatutos SCCOT en donde se agregó dichas subespecialidades cuyos objetivos tenían como fin fomentar la enseñanza, aprendizaje, desarrollo y difusión en Colombia. Sus actividades se centraron en realizar reuniones científicas mensuales que servían de actualización en temas de la subespecialidad, además de motivar a los especialistas para la formación de otros Capítulos.