CSU

I Bayern var Franz Josef Strauß formand for CSU fra 1961 og indtil sin død i 1988. Han var også ministerpræsident for den såkaldte frie bayerske stat, Freistaat Bayern, fra 1978 til 1988. Under hans styre perfektionerede CSU det, man har kaldt partiets politiske dobbeltrolle: Det bayerske statsparti spillede ikke kun en væsentlig rolle som regionalt parti (Landespartei), men havde også en nøglerolle som en del af et forbundsparti (Bundespartei), det vil sige som en del af CDU/CSU.

Kun én gang så det ud til, at det tætte forhold mellem CDU og CSU ville få en ende. I november 1976 var der efter forbundsdagsvalget uoverensstemmelser mellem de to søsterpartier. Strauss bebrejdede kanslerkandidaten Helmut Kohl for det socialdemokratiske SPD's sejr under ledelse af Helmut Schmidt. I CSU's hovedbestyrelse stemte 30 mod 18 for at afslutte den langvarige aftale om at udgøre et fælles parlamentariske parti i Forbundsdagen i en hemmelig afstemning. Men Kohl kæmpede aggressivt tilbage ved at true med at tillade sit eget CDU at føre valgkampagne i Bayern i konkurrence med CSU. Bruddet, som kunne have været potentielt skadeligt for begge partier, blev imidlertid helet efter en måneds hård strid.

I 1988 blev Strauß efterfulgt af Theo Waigel (f. 1939) som partiformand. Han var tysk finansminister i Helmut Kohls regeringer fra 1989 til 1998. Modsat de øvrige CSU-ledere blev han aldrig ministerpræsident i Bayern, selvom CSU fortsatte med at regere der.

I 1993 overtog Edmond Stoiber posten som bayersk ministerpræsident fra Max Streibl (1932-1998). Ved Theo Waigels afgang i 1999 blev Stoiber også valgt til formand for CSU, og i kølvandet på CDU's problemer efter Helmut Kohls afgang i 1998 lykkedes det Stoiber at give CSU en mere fremtrædende plads i tysk politik. I begyndelsen af 2002 enedes CDU og CSU derfor om Stoiber som de kristelige unionspartiers fælles kanslerkandidat ved forbundsdagsvalget i september 2002. Stoiber fik dog ikke opbakning i Nord- og Østtyskland og var ikke i stand til at vælte den SPD-ledede regering. Ved forbundsdagsvalget i september 2005 gik CSU tilbage, men kunne alligevel være med til at danne en koalitionsregering bestående af CDU/CSU og SPD.

Under ministerpræsident Edmund Stoiber fortsatte CSU med at have stor indflydelse på valgene og politikken i Bayern. I 2002 blev Stoiber som den anden CSU-leder siden 1949 valgt som CDU/CSU's kanslerkandidat til et forbundsdagsvalg; den eneste ud over ham havde været Franz Josef Strauß i 1980. Stoiber tabte imidlertid til SPD's kandidat, ligesom Strauß havde gjort det.

I 2008 blev Horst Seehofer (f. 1949) både formand for partiet og ministerpræsident i Bayern. CSU har imidlertid ved de seneste valg mistet noget af den helt dominerende rolle, partiet havde tidligere i Bayern.

I marts 2018 overtog Markus Söder posten som ministerpræsident for Bayern efter Horst Seehofer. Ved valget til den bayerske Landdag i 2018 fik CSU 37 procent af stemmerne, mens Bayerns De Grønne fik 18 procent, Alternative für Deutschland ti procent, SPD 11 procent, FDP fem procent og Freie Wähler (en gruppering af partiuafhængige borgerlige) 12 procent af stemmerne. Efterfølgende dannede CSU regering i Bayern med Freie Wähler.

I 2019 blev Markus Söder desuden valgt som ny formand for CSU efter Seehofer. Söder er den første protestant på denne post, hvor der ellers kun har siddet katolikker.