BioPackathon

Group Description

Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）は、生命科学分野で利用されるデータベースや、データ解析手法を、各種プログラミング言語のパッケージとして実装し、オープンソースとして公開することを目的としたハッカソンです。使用言語は、今のところR、Julia、Pythonを想定しています。

下記のようなパッケージング作業を、情報を交換し互いにサポートし合うことを狙っています。

独自解析手法を開発したので、パッケージにして広く色々な人に使ってもらいたい
Pythonで実装されたあるアルゴリズムを、Juliaパッケージとして再実装したい
あるデータベースとのインターフェースをRパッケージで実装したい
ラボ内で蓄積された独自データを、パッケージとして外部に公開したい
独自データを既にデータベースとして公開しているが、パッケージとしても公開したい、APIでもデータ取得できるようにしたい

現在のBio"Pack"athon（バイオパッカソン）でのキーワード: Rパッケージ, python ライブラリ, R-pythonプログラム翻訳, Julia, CRAN, Bioconductor, rOpenSci, pyOpenSci, tensor, 大規模データ処理, Out-Of-Memory, DelayedTensor, HDF5, バイオインフォマティクス, ゲノム解析, シングルセル解析, メタボローム, データベース, メタデータベース, メタデータ, 次元圧縮, PCA, PLS, PLS-ROG, OS-PCA, 遺伝的アルゴリズム(GA), webアプリ開発, LLM, chatGPT, GPT-4, LLM API, txt2img, 画像生成, バイオ画像解析, 深層学習, 機械学習, カーネル

※ 但し、本研究会の活動は上記に限定されません。

Slackワークスペース: biopackathon.slack.com (Slackの招待リンクはこちらになります。)