PHP-приложения, запускаемые под Tomcat -- это конечно страшное извращение.
Но как говаривал мой замечательный препод Валерий Григорьевич Наконечный: "Парни, курить вообще-то нельзя. Но, если хочется, то... можно.". Вариантов я нашёл два: популярный и который работает.
Первый встречается во множестве вариаций и копипастов, особенно радует описание вонзания в jar-архив с последующим копированием всего этого барахла в Windows/System32.
Во втором варианте все эти радости отсутствуют: есть BridgeJava.jar и ещё пара jar-файлов, которые отправляются прямиком в каталог lib Tomcat-а, потом правится web.xml приложения и на этом всё. Дёшево и сердито.