PerlPrimer: Herramienta Gráfica para Diseño de Primers
PerlPrimer es una aplicación gratuita y de código abierto que facilita el diseño de primers para diversas técnicas de PCR, incluyendo PCR estándar, bisulfito y en tiempo real. Con su interfaz gráfica, permite a los usuarios automatizar el proceso de diseño de primers, lo que resulta en una mayor eficiencia en el laboratorio. Entre sus características destacan el cálculo de posibles dimeros de primers, la recuperación de secuencias genómicas de Ensembl y la búsqueda BLAST de primers utilizando el servidor NCBI. Además, los resultados pueden ser exportados en formatos compatibles con hojas de cálculo, lo que facilita su análisis posterior.
La aplicación calcula la temperatura de fusión de los primers utilizando parámetros termodinámicos avanzados y permite ajustes según las condiciones de PCR. Incluye algoritmos para la detección de ORF y islas CpG, así como la capacidad de añadir secuencias de clonación a los primers. PerlPrimer es compatible con múltiples plataformas, habiendo sido desarrollado para Windows y GNU/Linux, y también ha mostrado eficacia en Mac OS X, lo que lo convierte en una herramienta versátil para investigadores en bioinformática.
