MemoryError

есть 10000 точек с координатами x, y, z (считываются из файла), запихнуты в списки. Нужно анализировать матрицу расстояний (типа кластерного анализа - объединять 2 точки с минимальной дистанцией), подскажите, как ее хранить? 10000х10000 безнадега, в виде расстояние, индекс1, индекс2 - все равно Memory Error - как правильно поступить? (гиг оперативки - вроде же влезаает?..)
есть ли где-то ограничение на память, доступную интерпретатору?