Predict to Protect!

Sessió de brain-storming
Locked-in
Alguns plots
Alguns plots
Alguns plots

Inspiration

El projecte Predict to Protect! va inspirar-nos per la seva aplicabilitat, rellevància i multidisciplinareitat. Creiem que és important ser capaços de combinar eines tecnològiques amb coneixements biològics per proporcionar solucions innovadores i eficients.

What it does

El nostre projecte treballa sobre un software del 2019, KIRCLE, que hem modificat per tal de mappejar les variants al·lèliques dels gens KIR. Hem obtingut entre un 20-30% d'eficàcia en les nostres prediccions. També hem netejat la base de dades de pacients de LCM, hem comprovat la correlació entre variables dins d'aquesta base de dades i hem creat un prototip de mètode predictiu per analitzar les probabilitats de recaure en la malatia segons el la variant al·lèlica.

How we built it

Hem construit el software amb python, basant-nos en KIRCLE, i convinant-ho amb mòduls shell i python també. Els plots i tests de correlació estan fets a RStudio, després d'un treball de neteja fet amb Pandas. El model predictiu està fet amb llenguatge C.

Challenges we ran into

No hem pogut treballar en l'anàlisi de les dades rebudes del software, perquè és un programa lent i no hem tingut temps de passar-lo a la cohort de pacients i controls. Això ha limitat també el nostre anàlisi, plotting i model predictiu.

Accomplishments that we're proud of

No obstant, estem molt orgullosos/es d'haver aconseguit adaptar el programa a les nostres necessitats i obtenir alguns resultats bons. També creiem que hem fet una bona feina a l'hora de treballar en paral·lel en deixar preparats programes per cercar patrons una vegada les dades fóssin obtingudes.

What we learned

Ha estat la nostra primera hackaton, i hem après el funcionament i la dinàmica d'estar 48 hores treballant en un projecte com aquest, complicat i ambiciós. També hem après tènciques d'alineació de gens, mètodes de predicció i alguns reptes amb els que es troben bioinformàtics i investigadors.

What's next for Predict to Protect!

Seria interessant provar de forma metòdica el funcionament del software i comprovar els resultats de la cohort de pacients, per poder prooporcionar algunes dades d'interès al Banc de Sang i Teixits.