Elle est la seule mésange européenne dotée d'une huppe, noire à motifs blancs, ce qui la rend facile à reconnaître. Cette huppe est érigée en situation d'alerte, mais aussi lors des parades nuptiales. Le reste du plumage est brun chamois sur le dessus et gris-beige sur le dessous.
Cette mésange vit dans les bois de conifères, en particulier les pins et les épicéas, en montagne et en plaine, un habitat qu'elle partage fréquemment avec le Grimpereau des bois, la Mésange noire, la Mésange nonnette et le Roitelet huppé. Au sud de son aire de répartition, elle est plus tolérante sur son habitat et peut également se trouver dans des feuillus. Comme la plupart des mésanges, elle est cavicole : elle aménage son nid dans la cavité d'un arbre mort ou sénescent. Elle peut également réutiliser une cavité déjà existante, comme la loge d'un pic, un gîte d'Écureuil roux, ou emménager dans un nichoir artificiel.
La période de reproduction s'étend de fin avril à début juin, la date de ponte variant suivant la région. Cinq à huit œufs sont couvés par la femelle pendant treize à dix-huit jours. Les deux parents nourrissent ensuite les juvéniles pendant seize à vingt jours. Le succès reproducteur est également variable : il va de 4,7 jeunes par nichée en Finlande à 5,9 dans le sud de l'Allemagne.
La Mésange huppée se nourrit d'insectes et d'araignées. Elle complète son régime en hiver par des graines de conifères et des baies. Comme d'autres mésanges, elle cache sa nourriture en prévision de la mauvaise saison.
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