EMBOSS
EMBOSS או European Molecular Biology Open Software Suite היא חבילה חינמית לאנליזות וניתוח תוכנה שפותחה לצורכי קהילת המשתמשים בביולוגיה מולקולרית ובביואינפורמטיקה, התוכנה מתמודדת אוטומטית עם נתונים במגוון פורמטים ואף מאפשרת שליפה שקופה של נתוני רצפים מהרשת. כמו כן, מכיוון שספריות נרחבות מסופקות עם החבילה, זוהי פלטפורמה המאפשרת למדענים אחרים לפתח ולפרסם חבילות קוד פתוח. EMBOSS גם משלבת מגוון של חבילות וכלים הזמינים לניתוח רצפים.
שמו של הפרויקט European Molecular Biology Open Software Suite, מתייחס לחבילה של תוכנות פתוחות לביולוגיה מולקולרית, החלק ה- "אירופי" מרמז על ההיקף הציבורי והפתוח של חבילת התוכנות האלו. קבוצות הליבה של EMBOSS משתפות פעולה עם קבוצות רבות אחרות כדי לפתח את היישומים החדשים שהמשתמשים צריכים. זה נעשה מההתחלה עם EMBnet, הרשת האירופית לביולוגיה מולקולרית.
חבילת EMBOSS מכילה בין היתר מגוון יישומים לעימוד רצפים, חיפוש מהיר של מסד נתונים עם דפוסי רצף, זיהוי מוטיב חלבון (כולל ניתוח תחום).
קבוצות יישומים הזמינים ב-EMBOSS
[עריכת קוד מקור | עריכה]| קבוצה | תיאור |
|---|---|
| קובצי ACD | קורא ומעבד קובצי ACD |
| רצפי קונצנזוס | מיזוג רצפים על מנת ליצור רצפי קונצנזוס |
| הבדלי ריצוף | מציאת הבדלים בין רצפים |
| עימוד גלובלי ונקודתי | עימוד רצפים בצורה גלובלית ובצורה לוקלית |
| עימוד בגרף-נקודות | השוואה בין 2 רצפים במטריצת נקודות |
| השוואה מרובת רצפים | השוואה בין כמה רצפים שונים |
| תצוגה | תצוגה באיכות פרסום |
| עריכה | עריכת ריצוף |
| קינטיקה אנזימטית | מחשבון לחישוב קינטיקה אנזימטית |
| HMM | אנליזת מודל מרקוב חבוי |
| מידע | מידע ועזרה כללית למשתמשים |
| חומצות גרעין | מבנה משני של חומצות גרעין |
| קודונים | מקבל רצף DNA ומחזיר את המספר והתדירות של כל סוג קודון. |
| איי CpG | איתור וניתוח אי CpG ברצף נתון |
| מציאת גנים | תחזיות של גנים ותכונות גנומיות אחרות |
| הרכב חומצות הגרעין | הרכב רצפי נוקלאוטידים |
| מוטיבים | חיפוש אחר מוטיבים ברצף הנתון |
| מוטציות | חיפוש אחר מוטציות ברצף הDNA |
| פריימרים | ניבוי וחיזוי אחר פריימרים |
| חזרות | מציאת רצפים חוזרניים |
| אתרי רסטריקציה | מציאת אתרי אנזימי רסריקציה ברצפי הנוקלאוטידים |
| קיפול RNA | שיטות וניתוח קיפול RNA |
| שיעתוק | פקטורי שיעתוק, פרומוטורים, וניבוי סיום השיעתוק |
| תרגום | תרגום של רצף נוקלאוטידים לרצף חלבונים |
| עצים פילוגנטיים | ציור עצים ושיטות למציאת תכונות מתמשכות, תכונות נבדלות, תדירויות של גנים ועוד |
| חלבונים | מציאת רצפי חומצות האמינו של החלבון, מציאת מוטיבים כללים ומוטציות |
| מבנה החלבונים | מציאת מבנה דו־ממדי ותלת־ממדי של חלבונים |
ראו גם
[עריכת קוד מקור | עריכה]- SOAP - ממשק אינטרנטי הכולל את EMBOSS
קישורים חיצוניים
[עריכת קוד מקור | עריכה]
אתר האינטרנט הרשמי של EMBOSS- EMBOSS Homepage, emboss.open-bio.org, האתר הרשמי של EMBOSS
- EMBOSS programs < EMBL-EBI, www.ebi.ac.uk כלים של EMBOSS באתר EBI
