2014年，在「大貝殼事件」（Metal Gear Solid 2裡面的鑽油平台事件）之後5年，武裝介入異國油田的約束開始放緩，刺激私人軍事公司Private Military Companies（PMCs）為了商業目的去進行代理戰爭，使得戰爭成為世界上的一種嶄新經濟體系。當時世界上存在著五大PMCs，分別是Praying Mantis/禱念螳螂（英國）、оцелотовая хватка/山貓鉤爪（俄羅斯）、Werewolf/狼人軍團（美國）、 Pieuvre Armement/武裝章魚（法國）、以及Raven Sword/渡鴉之劍（美國），但事實上這五大PMC背後的母公司是液體山貓所擁有的「世外方舟」（Outer Haven）。將奈米機械植入士兵體內後則對於加強士兵的管理、戰鬥能力、以及忠誠作用顯著，戰場上使用的士兵奈米機械管理系統稱為「愛國者之子」（Sons of the Patriots：SOP）。液體山貓欲利用破壞SOP引發起一場武裝破壞，且「世外方舟」已經積聚了可與美國政府匹敵的力量，世界即將落入危機，於是故事在羅伊坎貝爾請求老蛇進入中東抹殺液體山貓展開了序幕……遊戲任務在五個地方進行：中東，南美，東歐，夏德莫榭斯島，以及戰艦「Outer Haven」。　

    第一章：液體的太陽/ACT.1：Liquid Sun
    第二章：固體的太陽/ACT.2：Solid Sun
    第三章：第三的太陽/ACT.3：Third Sun
    第四章：雙子的太陽/ACT.4：Twins Sun
    第五章：老雄的太陽/ACT.5：Old Sun
    第六章：赤裸的太陽/ACT.6：Naked Sun
    尾聲：赤裸的原罪/Epilogue：Naked Sin