PyMOL

PyMOL é un software de fonte dispoñible^[2] dun sistema de visualización de moléculas creado por Warren Lyford DeLano. Comercializouno inicialmente DeLano Scientific LLC, que era unha compañía de software privada dedicada a crear ferramentas útiles que se fixesen accesibles universalmente para as comunidades científicas e educativas. Actualmente comercialízaa Schrödinger, Inc. Como a licenza de software orixinal era unha licenza permisiva, puideron retirala e as novas versións xa non saen coa licenza Python, senón cunha licenza de uso de servizo (garantindo un uso amplo, redistribución e dereitos de modificación, pero asignando o copyright de calquera versión a Schrödinger, LLC.),^[2] e algúns dos códigos fonte xa non están liberados.^[3] PyMOL pode producir imaxes tridimensionais de alta calidade de pequenas moléculas e macromoléculas biolóxicas, como proteínas é un programa moi utilizado.

PyMOL é unha das poucas ferramentas de visualización principalmente de modelo de fonte aberta dispoñibles para o uso en bioloxía estrutural. A parte Py do nome do programa refírese a que o programa foi escrito na linguaxe de programación Python.

PyMOL usa OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) e FreeGLUT, e pode resolver ecuacións de Poisson-Boltzmann usando o Adaptive Poisson Boltzmann Solver.^[4] PyMOL usou Tk para os widgets GUI e tiña binarios nativos Aqua para macOS a través de Schrödinger, que foron substituídos por unha interface de usuario PyQt en todas as plataformas cando saíu a versión 2.0.^[5]

Nas representacións feitas con PyMOL asígnase un código de cores aos elementos da táboa periódica.^[6]

Galería

Exemplo dalgunhas características de edición de moléculas de PyMOL, rotación de enlace diédrico e relaxación molecular interactiva con Sculpting mode. Estas son características útiles para preparar a xeometría de input para o software de química cuántica.
A mesma estrutura proteica (protease TEV - PDB 1LVB) representada de diferentes xeitos. Debuxo estándar, superfice, cut-trhough da superficie, barrís salientados, similar a 'QuteMol', similar a 'Goodsell', superficie brillante e masilla de factor b.

Notas

↑ "PyMOL Molecular Graphics System". SourceForge. 2 de xuño de 2020.
1 2 3 "Open-Source PyMOL". Schrodinger, Inc. 5 de novembro de 2021. Consultado o 7 de novembro de 2021.
↑ "PyMOL | pymol.org". pymol.org. Consultado o 7 de novembro de 2021. Filosofía de fonte aberta
PyMOL é un produto comercial, pero facemos que a maioría das súas fontes sexa libremente dispoñible baixo unha licenza permisiva. O proxecto de fonte aberta é mantido por Schrödinger e finalmente financiado por calquera que compre unha licenza PyMOL.
A fonte aberta permite unha ciencia aberta.
Esta era a idea do autor do PyMOL orixinal Warren L. DeLano.
↑ "APBS". poissonboltzmann.org. Arquivado dende o orixinal o 24 de febreiro de 2020. Consultado o 7 de outubro de 2020. Parámetro descoñecido |url-status= ignorado (Axuda)
↑ "PyMOL v2.0 Release Notes".
↑ "Color Values". pymolwiki. 2010. Consultado o 4 de setembro de 2021.

Véxase tamén

Outros artigos

Ligazóns externas

[1] "PyMOL Molecular Graphics System". SourceForge. 2 de xuño de 2020.

[proprietary-2] 1 2 3 "Open-Source PyMOL". Schrodinger, Inc. 5 de novembro de 2021. Consultado o 7 de novembro de 2021.

[3] "PyMOL | pymol.org". pymol.org. Consultado o 7 de novembro de 2021. Filosofía de fonte aberta
PyMOL é un produto comercial, pero facemos que a maioría das súas fontes sexa libremente dispoñible baixo unha licenza permisiva. O proxecto de fonte aberta é mantido por Schrödinger e finalmente financiado por calquera que compre unha licenza PyMOL.
A fonte aberta permite unha ciencia aberta.
Esta era a idea do autor do PyMOL orixinal Warren L. DeLano.

[4] "APBS". poissonboltzmann.org. Arquivado dende o orixinal o 24 de febreiro de 2020. Consultado o 7 de outubro de 2020. Parámetro descoñecido |url-status= ignorado (Axuda)

[Pymol2-5] "PyMOL v2.0 Release Notes".

[6] "Color Values". pymolwiki. 2010. Consultado o 4 de setembro de 2021.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]