PyMOL
| PyMOL | |
|---|---|
 Uma instância PyMOL, com o visualizador e o GUI visíveis. | |
| Autor | Warren Lyford DeLano |
| Desenvolvedores | Schrödinger, Inc. |
| Lançamento inicial | 2000 |
| Lançamento estável | 2.0.4
/ 13/10/2017 |
| Repositório | |
| Escrito em | C, C++, Python |
| Sistema operacional | Plataforma cruzada: macOS, Unix, Linux, Windows |
| Tipo | Modelagem molecular |
| Licença | Python License[1] |
| Website | www.pymol.org |
PyMOL é um software de fonte disponível[3] de um sistema de visualização de moléculas criado por Warren Lyford DeLano. Foi comercializado inicialmente pela DeLano Scientific LLC, que era uma empresa de software privada dedicada a criar ferramentas úteis que se tornassem acessíveis universalmente para as comunidades científicas e educativas. Atualmente é comercializado pela Schrödinger, Inc.
Como a licença de software original era uma licença permissiva, puderam retirá-la e as novas versões já não saem com a Licença Python, mas sim com uma licença de uso de serviço (garantindo um uso amplo, redistribuição e direitos de modificação, mas atribuindo o copyright de qualquer versão à Schrödinger, LLC.),[3] e alguns dos códigos-fonte já não estão libertados.[4] O PyMOL pode produzir imagens tridimensionais de alta qualidade de pequenas moléculas e macromoléculas biológicas, como proteínas, sendo um programa muito utilizado.
PyMOL é uma das poucas ferramentas de visualização principalmente de modelo de fonte aberta disponíveis para o uso em biologia estrutural. A parte Py do nome do programa refere-se ao facto de o programa ter sido escrito na linguagem de programação Python.
O PyMOL usa OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) e FreeGLUT, e pode resolver equações de Poisson-Boltzmann usando o Adaptive Poisson Boltzmann Solver.[5] O PyMOL usou Tk para os widgets GUI e tinha binários nativos Aqua para macOS através da Schrödinger, que foram substituídos por uma interface de utilizador PyQt em todas as plataformas quando saiu a versão 2.0.[6]
Nas representações feitas com o PyMOL é atribuído um código de cores aos elementos da tabela periódica.[7]
Galeria
[editar | editar código]- Exemplo de algumas características de edição de moléculas do PyMOL, rotação de ligação diedra e relaxação molecular interativa com Sculpting mode. Estas são características úteis para preparar a geometria de input para o software de química quântica.
Referências
- ↑ «PyMOL Molecular Graphics System». SourceForge
- ↑ «PyMOL Molecular Graphics System». SourceForge. 2 de junho de 2020
- 1 2 3 «Open-Source PyMOL». Schrodinger, Inc. 5 de novembro de 2021. Consultado em 7 de novembro de 2021
- ↑ «PyMOL | pymol.org». pymol.org. Consultado em 7 de novembro de 2021.
Filosofia de fonte aberta
PyMOL é um produto comercial, mas fazemos com que a maioria das suas fontes seja livremente disponível sob uma licença permissiva. O projeto de fonte aberta é mantido pela Schrödinger e finalmente financiado por qualquer pessoa que compre uma licença PyMOL.
A fonte aberta permite uma ciência aberta.
Esta era a ideia do autor do PyMOL original Warren L. DeLano. - ↑ «APBS». poissonboltzmann.org. Consultado em 7 de outubro de 2020. Arquivado do original em 24 de fevereiro de 2020
- ↑ «PyMOL v2.0 Release Notes»
- ↑ «Color Values». pymolwiki. 2010. Consultado em 4 de setembro de 2021
